拥有省高峰学科2个,省高峰培育学科3个,省特色(培育)学科2个,省重点学科2个,部级中医药重点学科1个;国家临床重点专科5个(全科医学科、重症医学科、普外科、神经外科、神经内科)。临床医学、药理学与毒理学进入ESI全球排名前1%。
拥有一级学科硕士学位授权点7个、专业学位授权类别8个、独立二级学科授权点1个,形成了以医学为主体,理学、法学、工学、教育学多学科协调发展的学科体系。
太阳集成suncity官网实施“1+1+3+N”总体发展思路,以省高峰学科临床医学为引领,省高峰学科法医学特色发展,省高峰培育学科基础医学、药学、公共卫生与预防医学协同联动,医工、医理、医文等交叉学科融合创新。

表1 皖南医学院省部级重点学科一览表| 序号 | 重点学科名称 | 学科代码 | 学科门类 | 学科类别 |
| 1 | 临床医学 | 1002 | 医学 | 省三类高峰学科 |
| 2 | 法医学
| 1012 | 医学 | 省三类高峰学科 |
| 3 | 基础医学 | 1001 | 医学 | 省应用型高峰培育学科 |
| 4 | 公共卫生与预防医学 | 1004 | 医学 | 省应用型高峰培育学科 |
| 5 | 药学 | 1007 | 医学 | 省应用型高峰培育学科 |
| 6 | 病理学与病理生理学 | 100104 | 医学 | 省特色学科 |
| 7 | 药理学 | 100706 | 医学 | 省特色培育学科 |
| 8 | 生理学 | 071003 | 理学 | 省级B类重点学科 |
| 9 | 病原生物学 | 100103 | 医学 | 省级B类重点学科 |
| 10 | 中医痹病学 | - | 医学 | 部级中医药重点学科 |